十字花科數(shù)據(jù)庫(kù)BRAD重建升級(jí)

　　近期，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所蔬菜分子設(shè)計(jì)育種創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)在《核酸研究（Nucleic Acids Research）發(fā)表研究論文，報(bào)道了第三版十字花科數(shù)據(jù)庫(kù)（BRAD V3.0）的重建升級(jí)。該數(shù)據(jù)庫(kù)整合了已發(fā)表的十字花科物種基因組、轉(zhuǎn)錄組等組學(xué)數(shù)據(jù)資源，已成為十字花科植物最重要的數(shù)據(jù)庫(kù)之一，對(duì)十字花科植物組學(xué)數(shù)據(jù)資源的挖掘利用和分子設(shè)計(jì)育種的研究具有重要的價(jià)值。

　　據(jù)王曉武研究員介紹，十字花科植物包含模式植物擬南芥，以及白菜、甘藍(lán)、油菜等重要的蔬菜和油料作物，具有非常重要的科研和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。其中許多重要物種的大量組學(xué)數(shù)據(jù)（包括基因組、轉(zhuǎn)錄組和變異組等）已陸續(xù)被報(bào)道?？蒲袌F(tuán)隊(duì)于2011年率先主導(dǎo)完成白菜基因組的測(cè)序及組裝，并建立了十字花科蕓薹屬作物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)Brassica database（BRAD, http://brassicadb.org）。2015年該數(shù)據(jù)庫(kù)整合了13個(gè)十字花科物種的基因組數(shù)據(jù)及共線(xiàn)性關(guān)系的信息，并升級(jí)到2.0版本。該數(shù)據(jù)庫(kù)極大地促進(jìn)了國(guó)內(nèi)外蕓薹屬物種的研究。隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，越來(lái)越多的十字花科組學(xué)數(shù)據(jù)被公布，BRAD數(shù)據(jù)庫(kù)面臨不斷地更新和升級(jí)的需求。

 

　　該研究通過(guò)重建BRAD數(shù)據(jù)庫(kù)，收錄整合了36個(gè)十字花科物種基因組及308份樣品的轉(zhuǎn)錄組和3個(gè)物種（白菜、甘藍(lán)和油菜）群體變異數(shù)據(jù)，并搭建了共線(xiàn)性分析等重要工具，升級(jí)為BRAD V3.0版本。其主要特點(diǎn)在于提供了系統(tǒng)的十字花科物種間基因共線(xiàn)性關(guān)系，極大地方便了利用擬南芥基因功能信息對(duì)十字花科作物開(kāi)展深入研究。另外，該數(shù)據(jù)庫(kù)還新增了微共線(xiàn)性分析、系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建、變異圖譜和引物設(shè)計(jì)等特色功能。構(gòu)建了簡(jiǎn)單且用戶(hù)友好的網(wǎng)絡(luò)界面，有利于非信息專(zhuān)業(yè)研究人員和育種工作者訪(fǎng)問(wèn)、查詢(xún)和分析數(shù)據(jù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)長(zhǎng)期持續(xù)地更新十字花科物種組學(xué)數(shù)據(jù)，為十字花科作物功能基因組研究和分子設(shè)計(jì)育種提供重要的信息平臺(tái)和數(shù)據(jù)支撐。

 

　　該研究獲得國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金以及中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程等資助。