北京市農(nóng)林科學(xué)院謝華/姜全團(tuán)隊(duì)在桃高質(zhì)量基因組組裝和基于結(jié)構(gòu)變異圖譜解析桃扁平果形遺傳機(jī)制方面取得了突破性進(jìn)展。相關(guān)研究論文“Genome structure variation analyses of peach reveal population dynamics forbid a 1.67 Mb causal inversion for fruit shape”于2021年1月5日在國(guó)際權(quán)威期刊《Genome Biology》（IF= 10.806）正式在線發(fā)表。
果形圓/扁是桃果實(shí)最重要的外觀品質(zhì)之一，受6號(hào)染色體上S位點(diǎn)控制，此位點(diǎn)果形決定基因一直是研究熱點(diǎn)。針對(duì)這一問(wèn)題，基于高深度的PacBio和Illumina測(cè)序數(shù)據(jù)，完成了我院培育的蟠桃品種“瑞油蟠1號(hào)”高質(zhì)量基因組de novo組裝（Contig N50高達(dá)11.5 Mb），是迄今為止組裝質(zhì)量最高的桃基因組；結(jié)合各主要產(chǎn)區(qū)的桃品種高深度重測(cè)序數(shù)據(jù)，構(gòu)建了高質(zhì)量的桃遺傳變異圖譜；通過(guò)對(duì)比分別基于SNP、InDel和SV的全基因組關(guān)聯(lián)分析，發(fā)現(xiàn)一個(gè)1.67 Mb的雜合倒位結(jié)構(gòu)變異與果實(shí)扁表型共分離；通過(guò)eGWAS方法，確定了該變異與其上游的PpOFP2基因表達(dá)量顯著關(guān)聯(lián)；通過(guò)番茄轉(zhuǎn)基因?qū)嶒?yàn)驗(yàn)證了該基因?qū)麑?shí)縱向生長(zhǎng)的負(fù)調(diào)控作用?；谠擁?xiàng)研究成果，開(kāi)發(fā)了用于桃育種果形早期檢測(cè)的PCR引物，準(zhǔn)確率達(dá)100%，已申請(qǐng)國(guó)家發(fā)明專利。該研究為開(kāi)展桃優(yōu)異種質(zhì)基因資源的挖掘、闡明桃重要農(nóng)藝性狀形成的遺傳機(jī)制提供了重要資源和思路借鑒。
我院生物中心博士后官健濤、徐搖光助理研究員和于洋助理研究員為該論文并列第一作者，生物中心謝華研究員、魏建華研究員和林果所姜全研究員為并列通訊作者。該研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃“主要經(jīng)濟(jì)作物優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)與產(chǎn)業(yè)提質(zhì)增效科技創(chuàng)新”項(xiàng)目（2018YFD1000200）、院基因組協(xié)同創(chuàng)新項(xiàng)目 （KJCX201907-2） 和院生物技術(shù)平臺(tái)項(xiàng)目的資助。該成果是我院重要果樹(shù)基因組育種團(tuán)隊(duì)在桃重要農(nóng)藝性狀研究領(lǐng)域發(fā)表的第2篇高水平研究論文。
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https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02239-1
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