關(guān)于舉辦“第二期基于 AI 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析與設(shè)計專題（線 上）培訓(xùn)班”的通知

　　各有關(guān)單位：蛋白質(zhì)通常被稱為生命的基石，它們幾乎參與了細(xì)胞內(nèi)的每一個過程，包括生長、分裂和修復(fù)。蛋白質(zhì)是生命活動的體現(xiàn)者，其結(jié)構(gòu)決定著功能。由線性氨基酸組成的蛋白質(zhì)需要折疊成特定的空間結(jié)構(gòu)才具有相應(yīng)的生理活性和生物學(xué)功能。解析蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)可以更準(zhǔn)確地認(rèn)識蛋白質(zhì)的功能、功能的執(zhí)行、及生物大分子間的相互作用。然而，隨著人工智能及大數(shù)據(jù)的快速發(fā)展，蛋白質(zhì)可以通過人工智能設(shè)計從而解鎖更多的功能，這在食品學(xué)、醫(yī)學(xué)和藥學(xué)的發(fā)展(如多肽、酶、藥物靶點的設(shè)計等）具有重要意義。因此，為了進一步挖掘蛋白質(zhì)新功能與充分發(fā)揮人工智能在醫(yī)藥及生物領(lǐng)域的快速發(fā)展，協(xié)會決定于 2024 年 12 月 27-29 日在線上（小鵝通平臺）舉辦“第二期基于 AI 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析與智能設(shè)計專題培訓(xùn)班。”屆時將邀請行業(yè)內(nèi)知名專家針對相關(guān)內(nèi)容進行講解與探討。參會名額有限，望各有關(guān)單位積極轉(zhuǎn)發(fā)或組織相關(guān)人員盡快報名參加 。現(xiàn)將有關(guān)事項通知如下 ：

　　

　　一、會議安排：

　　

　　直播平臺：小鵝通在線直播平臺

　　

　　12 月 27 日：下午 15：00-15：30 平臺網(wǎng)絡(luò)及設(shè)備測試

　　

　　12 月 28 日-29 日：上午 9：00-12：00，下午 14：00-17：00 培訓(xùn)課程（詳情參考附件一）

　　

　　

　　理論講解，實例分析，專題講授，互動答疑

　　

　　

　　主辦單位：中國化工企業(yè)管理協(xié)會醫(yī)藥化工專業(yè)委員會

　　

　　承辦單位：中科凱晟化工技術(shù)研究院/藥成材在線直播平臺

　　

　　四、培訓(xùn)課程及專家情況（詳情參考附件一）

　　五、培訓(xùn)對象

　　

　　1.蛋白質(zhì)工程領(lǐng)域科研單位專家及學(xué)者；

　　

　　2.醫(yī)學(xué)、藥學(xué)及食品學(xué)院校及企業(yè)蛋白質(zhì)功能開發(fā)負(fù)責(zé)人；

　　

　　3.生物及化工工程領(lǐng)域從業(yè)工作者。

       六、會議費用

　　

　　4000 元/單位，可投屏全員觀看（含 5 個直播鏈接、2 本資料、1 個月有效期回放）

　　

　　七、問題及報告征集（截止到 12 月 20 日）：

　　

　　請在回執(zhí)表問題征集欄填寫您所關(guān)注及遇到的問題，我們會及時與講師溝通，以便講師在備課時更具備針對性。

　　

　　八、聯(lián)系方式：

　　

　   第二期基于 AI 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析與智能設(shè)計專題培訓(xùn)班課程表

　　

　　12 月 27 日下午 15：00-15：30 線上測試

　　

　?。ǖ谝惶欤?2 月 28 日， 上午 9:00-12:00; 下午 14:00-17:00

　　

　　《結(jié)合 AI 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析與預(yù)測》

　　1. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的重要性、結(jié)合 AI 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析方法與實踐（3h）；

　　

　　1.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) AI 預(yù)測軟件介紹，優(yōu)缺點、精度、適用條件(陳榮昌 30min)。

　　

　　1.2 AI 時代的結(jié)構(gòu)解析特點和流程( SPA、結(jié)晶、NMR 技術(shù)方案選擇依據(jù)，AI 帶來的便利性,基本流程介紹)--楊銀龍 60min

　　

　　1.3 AI 時代服務(wù)于結(jié)構(gòu)解析的蛋白樣品制備(程洪金 60min)

　　

　　1.3.1 表達(dá)方案制定依據(jù)、表達(dá)體系選擇、質(zhì)粒標(biāo)簽選擇。

　　

　　1.3.2 經(jīng)典案例。

　　

　　2. 結(jié)合 AI 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測、優(yōu)化途徑與實踐（3h）。

　　2.1 AI 模型對于結(jié)構(gòu)解析的幫助，帶來的好處。AI 蛋白質(zhì)預(yù)測軟件使用 alphafold2 ,alphafold3 使用。

　　

　　2.2 AI 模型用于結(jié)構(gòu)解析案例實際操作（晶體 prfaH）

　　

　　2.3 AI 模型用于結(jié)構(gòu)解析案例實際操作（SPA 煙草花葉病毒）

　　

　　2.4 晶體結(jié)構(gòu)質(zhì)量的評價指標(biāo)、PDB 數(shù)據(jù)提交等數(shù)據(jù)發(fā)表

　　

　　楊老師，山東第一醫(yī)科大學(xué)碩士研究生，在蛋白表達(dá)純化，晶體培養(yǎng)和結(jié)構(gòu)解析方面擁有豐富科研經(jīng)驗，目前在青云瑞晶擔(dān)任項目經(jīng)理一職。曾參與多個國家基金項目的申請和開展，學(xué)習(xí)期間主要從事細(xì)菌和病毒致病蛋白的結(jié)構(gòu)和功能研究，后續(xù)在清華大學(xué)藥學(xué)院學(xué)習(xí)藥物功能研究和真核蛋白表達(dá)純化。先后參與發(fā)表 Cell Reprot 論文 2 篇，Cancer Immunology Research 論文 1 篇，NucleicAcids Research 論文 1 篇。

　　

　　程老師，碩士畢業(yè)于天津科技大學(xué)制藥工程專業(yè)。曾就職于濰坊制藥廠、青島漢唐生物科技有限公司。全面負(fù)責(zé)蘇州青云瑞晶表達(dá)純化部門工作，主要從事重組蛋白的表達(dá)與純化工作，掌握大腸桿菌、昆蟲細(xì)胞、哺乳動物細(xì)胞、酵母細(xì)胞等多種表達(dá)系統(tǒng)蛋白的表達(dá)，熟練掌握各種純化方式(親和純化、離子柱及分子篩純化)。熟悉整個靶標(biāo)蛋白的獲得及制備流程，從基因到蛋白表達(dá)純化，再到晶體結(jié)構(gòu)功能研究，整個領(lǐng)域不僅掌握了相關(guān)的致病機理，還從微觀原子結(jié)構(gòu)進行解釋。累計完成 150 余個靶點蛋白的評估方案制定及制備，為下游結(jié)構(gòu)解析提供支持。累計交付蛋白 CRO 客戶 100+以上。熟 練 使 用 SnapGene ，Geneious，Pymol 等分子結(jié)構(gòu)相關(guān)軟件。 熟練使用 Origin，office，PS，Ai 等作圖辦公軟件。

　　

　　傅老師，畢業(yè)于美國東北大學(xué)。曾就職于默克集團，上海維亞生物公司?，F(xiàn)于青云瑞晶全面負(fù)責(zé) X-ray 晶體學(xué)結(jié)構(gòu)解析工作，有豐富的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析經(jīng)驗,每年處理大分子晶體數(shù)據(jù) 2000+，交付精修大分子晶體結(jié)構(gòu) 500+，精通用計算機腳本搭建結(jié)構(gòu)解析管線，精通結(jié)構(gòu)解析相關(guān)軟件 phenix、coot、 CCP4、XDS、 CrysAlisPro、DIALS 及 pymol。精通 aphlafold2、aphlafold3、schrodinger、MOE 等軟件的使用。在處理多晶、孿晶、tNCS 等數(shù)據(jù)積累了豐富的經(jīng)驗。精通特殊模型搭建(共價修飾)及 PDB 數(shù)據(jù)提交，成功幫助客戶提交 PDB 結(jié)晶 50+。精通 Cryosparc、relion 軟件。

　　

　　陳老師，博士，蘇州青云瑞晶生物科技有限公司，結(jié)構(gòu)生物學(xué)負(fù)責(zé)人。畢業(yè)于中國科學(xué)院生物物理研究所結(jié)構(gòu)生物學(xué)專業(yè)，師從葉克窮教授從事 RNA 蛋白質(zhì)復(fù)合物的結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究。從 2009 年開始蛋白質(zhì)RNA復(fù)合物的結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究，有10年以上的蛋白質(zhì)表達(dá)純化及結(jié)構(gòu)解析經(jīng)驗。在Elife、Nature Communication、Angewandte、Nucleic Acids Research 等雜志發(fā)表多篇文章。在北京大學(xué)深圳研究生院、北京生命科學(xué)研究所和北京大學(xué)化學(xué)與分子工程學(xué)院均進行過研究工作。在北京大學(xué)化學(xué)與分子工程學(xué)院博士后工作期間，解析了重要疾病靶點和小分子的結(jié)構(gòu)，積累了豐富經(jīng)驗。

      （第二天）12 月 29 日， 上午 9:00-12:00;

       下午 14:00-15:30《數(shù)據(jù)驅(qū)動的功能蛋白挖掘與工程化》1.3h

　　

　　9：00-10：10

　　

　　1. 數(shù)據(jù)驅(qū)動的合成生物學(xué)技術(shù)。

　　

　　2. 基因編輯工具的介紹。

　　

　　3. 工具酶的挖掘與改造。

　　

　　4. 蛋白材料的設(shè)計與改造。

　　

　　姚老師，浙江大學(xué)杭州國際科創(chuàng)中心“百人計劃”研究員，合成生物學(xué)研究所副所長。聚焦數(shù)據(jù)驅(qū)動的基因編輯技術(shù)、蛋白設(shè)計與進化技術(shù)，基于遺傳多樣性的暗物質(zhì)挖掘與進化技術(shù)，并應(yīng)用于生物醫(yī)藥和化學(xué)工程等領(lǐng)域。共主持科研項目 13 項（包括國家重點研發(fā)計劃課題，國家自然科學(xué)基金項目等6項國家級項目），共發(fā)表SCI論文50篇。近5年，以通訊作者在Nature Chemical Biology,Advanced Functional Materials 等期刊發(fā)表 SCI 論文 30 篇。申請國家發(fā)明專利 10 件。聯(lián)合國內(nèi)醫(yī)藥上市公司和領(lǐng)軍企業(yè)實現(xiàn)技術(shù)產(chǎn)業(yè)化 1 項。擔(dān)任 Science 合作期刊 BioDesign Research 編委等學(xué)術(shù)職務(wù)。

       《人工智能在酶蛋白設(shè)計中的應(yīng)用》1.7h

　　

　　10：20-12：00

　　

　　1. 開場 (10 分鐘)：概述課程涵蓋的工具及其在蛋白質(zhì)工程中的重要性

　　

　　2. 工具概覽及安裝 (15 分鐘)

　　

　　(1) 介紹將使用的工具：簡要介紹 ESM 模型、ProteinMPNN、MutCompute、MLDE、CLADE 等

　　

　　(2) 工具的獲取與安裝：如何下載和安裝這些工具、基本的系統(tǒng)要求和配置注意事項

　　

　　3. 使用蛋白質(zhì)語言模型 (20 分鐘)

　　

　　(1) ESM 模型使用基礎(chǔ)：如何配置和啟動 ESM 模型、輸入數(shù)據(jù)的格式和準(zhǔn)備

　　

　　(2) 實作演示：演示如何用 ESM 預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)

　　

　　4. 基于結(jié)構(gòu)優(yōu)化算法的設(shè)計 (20 分鐘)

　　

　　(1) ProteinMPNN 和 MutCompute：基本工作流程和使用場景

　　

　　(2) 實作演示：通過案例展示如何用 ProteinMPNN 進行蛋白質(zhì)設(shè)計、運用 MutCompute 優(yōu)化酶的活性和穩(wěn)定性

　　

　　5. 監(jiān)督學(xué)習(xí)算法在酶工程中的應(yīng)用 (20 分鐘)

　　

　　(1) MLDE 和 CLADE 概述：講解核心原理、應(yīng)用范圍、基本工作流程

　　

　　(2) 實作演示：演示如何通過 MLDE 進行酶功能優(yōu)化、CLADE 的實際使用案例

　　

　　6. 結(jié)尾與問答環(huán)節(jié) (15 分鐘)

　　

　　(1) 總結(jié)工具使用技巧

　　

　　? 歸納不同工具的最佳使用場景和優(yōu)劣勢

　　

　　(2) 互動問答

　　

　　? 解答學(xué)員在工具使用過程中的常見問題。

　　

　　于老師，男，浙江大學(xué)“百人計劃”研究員，博士生導(dǎo)師，浙大杭州國際科創(chuàng)中心合成生物學(xué)研究所副所長。本科、碩士畢業(yè)于天津大學(xué)，博士畢業(yè)于英國倫敦大學(xué)學(xué)院。主要研究方向包括蛋白質(zhì)工程、酶分子智能設(shè)計等，在 PNAS，Angew Chem Int Edit 等期刊發(fā)表 40 余篇論文，授權(quán)發(fā)明專利 5 項，主持及承擔(dān)國家自然科學(xué)基金項目、國家重點研發(fā)計劃“合成生物學(xué)”重點專項、浙江省尖兵領(lǐng)雁項目等。擔(dān)任英國皇家化學(xué)學(xué)會會員，中國生物工程學(xué)會合成生物學(xué)分會青年工作組委員等，兼任 BioDesign Research 期刊青年編委，Science Advances, Nature Communications, ACSCatalysis 等雜志審稿人。

      《基于 AI 的酶蛋白元件之改造與設(shè)計》1.5h

　　

　　14:00-15:30

　　

　　1. 無監(jiān)督蛋白改造及案例解析；

　　

　　2. 基于小樣本的蛋白改造及案例解析；

　　

　　3. 蛋白從頭設(shè)計及案例解析；

　　

　　廖老師，中國科學(xué)院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所研究員。主要圍繞工業(yè)生物大數(shù)據(jù)智能分析展開研究，開發(fā)核心的數(shù)據(jù)庫、算法和工具。構(gòu)建糖基轉(zhuǎn)移酶數(shù)據(jù)庫 pUGTdb、大腸桿菌代謝調(diào)控圖譜 ERMer等系列數(shù)據(jù)庫；發(fā)展新一代蛋白功能預(yù)測算法 HDMLF、酶挖掘與評估工具 REME 等系列 AI 算法。近年來在 Nucleic Acids Research、Science Advances、Molecular Plant、Research 等國內(nèi)外高水平期刊發(fā)表文章 50 余篇，引用 2000 余次。主持基金委交叉重點專項、中國科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)專項課題等多項國家級、省部級項目。

      報名聯(lián)系：胡老師  18153592317（微信同號）