3月12日，Horticulture Research（中科院一區(qū)，IF：8.7）以封面文章（2024年第2期）在線發(fā)表了院園藝研究所/岳麓山實(shí)驗(yàn)室果樹品種創(chuàng)制中心聯(lián)合華中農(nóng)業(yè)大學(xué)果蔬園藝作物種質(zhì)創(chuàng)新與利用全國重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組所合作完成的題為《Phased genomics reveals hidden somatic mutations and provides insight into fruit development in sweet orange》的研究論文。
該研究從頭組裝了二倍體“錦和”冰糖橙的高質(zhì)量單倍型基因組。與前期參考基因組比較，本研究組裝出了10.6%的新序列。甜橙基因組的兩套單倍型具有顯著序列差異，干擾了體細(xì)胞變異的準(zhǔn)確檢測。本研究開發(fā)出一種基于單倍型鑒定體細(xì)胞變異的方法，結(jié)合甜橙無性系的基因組重測序數(shù)據(jù)，構(gòu)建了二倍體甜橙體細(xì)胞變異的完整圖譜。通過對一組遺傳背景高度一致、果實(shí)大小差異顯著的體細(xì)胞變異品種“錦和”冰糖橙進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序分析。結(jié)合體細(xì)胞變異圖譜和等位基因特異表達(dá)分析，鎖定了與果實(shí)大小發(fā)育緊密相關(guān)的雜合體細(xì)胞變異，對于甜橙育種改良具有重要意義。
“錦和”冰糖橙是院園藝研究所最新選育的高糖低酸、優(yōu)質(zhì)大果型冰糖橙新品種。2023年11月28日中國柑桔學(xué)會組織相關(guān)專家對該新品種進(jìn)行了現(xiàn)場測產(chǎn)和綜合評議，測量結(jié)果顯示其平均單果重超過200克，平均縱橫徑均超過70厘米，無核、低酸，風(fēng)味較“錦和”濃郁。專家組一致認(rèn)為“錦和”冰糖橙遺傳性狀穩(wěn)定，果大、味濃、綜合性狀優(yōu)良，是一個有發(fā)展前景的優(yōu)系。本研究為我國地方特色良種冰糖橙新品種選育提供了理論指導(dǎo)，同時為柑橘果實(shí)大小發(fā)育研究提供了參考。
作者團(tuán)隊(duì)介紹：湖南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院園藝研究所為第一完成單位，園藝所陳鵬副研究員和華中農(nóng)業(yè)大學(xué)徐強(qiáng)教授為論文的共同通訊作者，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組所博士后王楠，園藝所許園園為論文的共同第一作者。華中農(nóng)業(yè)大學(xué)鄧秀新院士、伊華林教授和Robert M. Larkin教授，基因組所周永鋒研究員，園藝所李先信研究員、郭玲霞博士等參與了該研究。該研究得到國家重點(diǎn)研發(fā)項(xiàng)目（2022YFF1003100，2019YFD1001400）、湖南省農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新資金項(xiàng)目（2022CX127，2023CX71）和湖南省自然科學(xué)基金項(xiàng)目（2021JJ40308）資助。
論文鏈接：https://doi.org/10.1093/hr/uhad268
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